馬英九基金會的財政紀律問題持續成為焦點，涉及捐款使用和管理產生爭議，特別是基金會前執行長蕭旭岑與王光慈被指控違反相關規定，但三人調查小組於7月24日宣布查無違規證據 [1, 2, 3]。
事件期間，基金會執行長戴遐齡和前國安會秘書長金溥聰公開展示蕭旭岑與台商捧著現金的照片，質疑捐款流向是否合規，有律師指出案件在法律層面涉及贈與稅和捐款合法性問題，並非複雜，需釐清的是台商是否將錢直接捐給個人而非基金會 [2, 3]。
國民黨立委牛煦庭表示，基金會內部的對立已經超過財務問題，演變成「內部泥巴戰、人格毀滅戰」，他直言「兩方互不相讓甚至對簿公堂，當然可能會影響藍營整體士氣，某些層面來說就是‘家門不幸’」 [1]。不少藍營支持者擔憂此案會削弱年底九合一選舉的投票意願。
馬英九家人為保護前總統，因健康疑慮委請律師向法院申請輔助宣告，彰顯此事對馬英九個人的壓力 [1]。同時，基金會內部調查手法飽受爭議，如未事先約談被指控者，反以公開爆料方式進行，引發外界批評 [3]。
此外，外界研判檢方可能以國安法或反滲透法介入調查，甚至可能搜索國民黨黨部，但法律專家認為這些做法法律基礎薄弱，且可能引發政治不利，雙方說法存在分歧 [2, 3]。
前立法院長王金平提出，希望事件很快平息，呼籲黨內相忍為國，共同面對外界關注 [2]。
基金會的年終獎金發放金額約為200萬新台幣，部分款項來自台商貸款用於捐款和發放獎金，成為調查焦點之一 [2, 3]。
目前相關調查仍在持續進行，國民黨高層與基金會將繼續處理善後事宜，如何穩住藍營士氣成為近期重要課題。
